Anna wróciła do Warszawy. Na jej dworze gościli dyplomaci i antykrólewscy malkontenci. Ich obecność od razu spotkała się z kontrakcją ze strony królewskich faworytów (Mikołaja Mieleckiego, Andrzeja Opalińskiego i Zamoyskiego). Biskup (Stanisław Karnkowski) proponował parze królewskiej rozwód. Szło o ponowne ożenienie Batorego i wydanie potomstwa. Ten jednak zdecydowanie odmówił.
Początek rządów 1 maja 1576 w katedrze wawelskiej biskup kujawski Stanisław Karnkowski udzielił Stefanowi Batoremu ślubu z Anną Jagiellonką i koronował na króla Polski.
Jednak Batory musiał wkrótce stawić czoło opozycji, która nie uznając jego tytułu królewskiego liczyła na rychłe przybycie Maksymiliana II. Nadal wierne Habsburgowi pozostały Wielkie Księstwo Litewskie i Prusy Królewskie.
Dopiero demonstracja zbrojna wojsk batoriańskich zmusiła jego przeciwników do pogodzenia się z nowym władcą. 24 maja wojska królewskie zdobyły zamek w Lanckoronie, opanowany wcześniej przez wojewodę sieradzkiego Olbrachta Łaskiego, który zamierzał uczynić z niego punkt oparcia dla sił prohabsburskich w Małopolsce.