Po kapitulacji uniknął niewoli przekazując pułk mjr. Aleksandrowi Hertlejnowi i rozpoczął organizację pierwszych struktur konspiracyjnych korzystając z nieznanych kontaktów i upoważnień. Posługiwał się fałszywymi dokumentami cywilnymi na nazwisko Antoni Orłow, w dokumentach dotyczących tworzenia Służby Zwycięstwu Polski przez gen. Tokarzewskiego-Karaszewicza nie figuruje. Poszukiwany przez gestapo w związku z wydarzeniami bydgoskiej krwawej niedzieli, 24 lub 25 października 1939 wyjechał przez Lublin do Rzeszowa z zamiarem przedostania się przez Węgry do Wojska Polskiego we Francji, zabierając ze sobą w charakterze adiutanta por. Łukasza Cieplińskiego. Dzięki pomocy szwagra, lekarza w Głogowie Małopolskim Stanisława Krzysia, uzyskał tam stałe utrzymanie. W listopadzie odwiedził kilkakrotnie Kraków, gdzie został zaprzysiężony przez mjr. dypl. Pawła Zagórowskiego do Organizacji Orła Białego, formalnie podporządkowanej SZP. W oparciu o kontakty Krzysiów wśród rzeszowskiej inteligencji przystąpił do organizowania siatki Podokręgu OOB-SZP Rzeszów;