Niezadowolenie z fatalnej sytuacji ekonomicznej i społecznej doprowadziły do wybuchu w latach 1990–1995 rebelii malijskich i nigerskich Tuaregów. Podpisane porozumienia pokojowe przyniosły ponad dziesięć lat względnego spokoju. Kiedy rząd malijski obiecał zwiększyć inwestycje w zamieszkiwanym przez nich regionie kraju, Tuaregowie w lipcu 2006 zrezygnowali z roszczeń o autonomię dla Azawadu.
Jednak brak stabilizacji wśród nigerskich Tuaregów, spowodował, iż także malijscy nomadowie pod koniec 2007 rozpoczęli na niespotykaną dotąd skalę ataki na siły wojskowe. W lipcu 2008 większość grup rebelianckich podpisało zawieszenie broni, a konflikt został zażegnany w maju 2009 po wcześniejszej ofensywie armii.
Malijscy Tuaregowie byli zaciągani jako najemnicy w służbie Maummara al-Kaddafiego podczas wojny domowej w Libii w 2011. W związku z obaleniem libijskiego dyktatora przez tamtejszych powstańców, uzbrojeni i zmobilizowani Tuaregowie powrócili na pustynne tereny Azawadu. W październiku 2011 powołali ugrupowanie Narodowego Ruchu Wyzwolenia Azawadu (MNLA) i w styczniu 2012 podjęli kolejną walkę o niepodległość tego regionu. Tuaregowie zostali oskarżeni przez malijski rząd o współpracę z Al-Ka’idą.