W czasie trwania rebelii u boku MNLA walczyło ugrupowanie Ansar ad-Din (Obrońcy Wiary), mające powiązania z Al-Ka’idą Islamskiego Magrebu (AQIM) oraz fundamentaliści islamscy z Zamaskowanej Brygady i Ruchu na rzecz Jedności i Dżihadu w Afryce Zachodniej (MUJAO), którzy wydzielili się z AQIM. Ugrupowanie te były wspierane przez nigeryjskie Boko Haram, Front Obrony Muzułmanów w Czarnej Afryce oraz Ansar asz-Szari’a. Ekstremiści domagali się wprowadzenia prawa szariatu.
Powstanie Tuaregów thumb|Powstanie Tuaregów w Azawadzie w 2012
Działania MNLA (styczeń-marzec 2012) Pierwsze ataki rebeliantów miały miejsce 17 stycznia 2012 na miasta Ménaka, Aguelhoc oraz Tessalit. Malijski rząd poinformował dzień później, że sytuacja jest opanowana i że posiada kontrolę nad wymienionymi miastami. W walkach tych poległo co najmniej 47 rebeliantów oraz dwóch żołnierzy. 20 stycznia 2012 padł garnizon In Emsal nieopodal miasta Aguelhoc, które zostało ponownie zdobyte przez rebeliantów 24 stycznia 2012. Po zajęciu miasta, rebelianci przeprowadzili egzekucję 97 żołnierzy. 26 stycznia 2012 po walkach z wojskiem rządowym, rebelianci zdobyli kontrolę nad miastami Anderamboukane i Léré. 31 stycznia 2012 Tuaregowie podjęli nieudany atak na Niafunké.