Po śmierci Tongzhi Cixi doprowadziła do osadzenia na tronie swojego 4-letniego siostrzeńca Guangxu, w imieniu którego ponownie objęła regencję. Swoją władzę utrzymywała dzięki układom w Zakazanym Mieście. Jej konserwatywne, izolacjonistyczne poglądy spowodowały pogłębienie się zacofania Chin. Otaczała się konserwatywną elitą mandżurską. Jej polityka doprowadziła do klęski Chin w wojnach z obcymi mocarstwami i utraty niezależności. Pieniądze przeznaczone na budowę floty cesarzowa przeznaczyła na rozbudowę swojej rezydencji w Pałacu Letnim, a chcąc dodatkowo ośmieszyć zwolenników modernizacji armii ustawiła na pałacowym jeziorze marmurowy statek służący jej do wypoczynku. Regencja cesarzowej zakończyła się w 1889, jednak nadal to ona miała decydujący wpływ na państwo.

W 1898 cesarz Guangxu podjął próbę usamodzielnienia się. Wiążąc się z ruchem Kang Youweia zainicjował próbę reformy państwa, znaną jako sto dni reform. Chcąca utrzymać pełnię władzy Cixi doprowadziła do przewrotu pałacowego.