Reformatorzy zostali wypędzeni lub straceni, a cesarz umieszczony w areszcie domowym, w którym przebywał do swojej śmierci 14 listopada 1908.
W 1900 podczas powstania bokserów Cixi początkowo poparła powstańców, lecz gdy wojska cudzoziemskie weszły do Pekinu uciekła wraz z dworem do Xi’anu, a następnie przeszła na stronę cudzoziemców, występując przeciw bokserom.
Ostatnie lata życia W ostatnich latach życia Cixi próbowała wprowadzić ograniczone zmiany: zezwoliła na otwarcie szkół, modernizację armii i budowę kolei.
14 listopada 1908 zmarł cesarz Guangxu. W dzień po jego śmierci zmarła również cesarzowa Cixi. Po jej śmierci władzę zgodnie z jej wolą odziedziczył Puyi. W swojej autobiografii przywołał opinie na temat cesarzowej, przedstawiając ją jako przebiegłą, żądną bogactw i władzy, bezlitosną i konserwatywną: Wdowa zachodnia płonęła żądzą władzy; nie rezygnowała z żadnych uprawnień i w ogóle z niczego co raz dostało się w jej ręce. Z punktu widzenia Cixi zasady moralne i starodawny kodeks postępowania istniały po to, żeby jej służyć, a nie po to, by ją w najmniejszym bodaj stopniu krępowaćPu Yi, Byłem ostatnim cesarzem Chin, Łódź 1988, t. 1, s. 9..