Wiosną 1505 roku Michał Anioł został wezwany do Rzymu przez papieża Juliusza II, który chciał powierzyć rzeźbiarzowi stworzenie swojego grobowca. Na skutek wezwania porzucił prace nad freskiem. Michał Anioł nie zdążył przenieść kartonu na fresk, przypuszcza się, że przed wezwaniem do Rzymu rozpoczął prace przygotowawcze. Po pewnym czasie skonfliktował się z papieżem, przez co w kwietniu 1505 roku wrócił do Florencji. Będąc ponownie we Florencji wrócił do pracy nad freskiem. Wówczas dokonał pewnych zmian w projekcie, inspirując się odnalezioną Grupą Laokoona.
Podczas nieobecności Michała Anioła Leonardo intensywnie pracował nad swoim freskiem. W mau 1505 roku na polecenie Charlesa d’Amboise Leonardo udał się do Mediolanu, porzucając prace nad niszczejącym freskiem. Florencję opuścił również Michał Anioł, który udał się do Bolonii, by tam poprosić papieża o wybaczenie. Po pojednaniu Michał Anioł wrócił do Rzymu, gdzie pracował nad freskami na sklepieniu Kaplicy Sykstyńskiej. Bitwa pod Casciną nigdy nie powstała, zaś po opuszczeniu Florencji przez Leonarda Bitwa pod Anghiari zaczęło znikać ze ściany. Niszczenie malowidła wynikło z zastosowania nowego olejnego spoiwa farby. Stworzone przez Leonarda spoiwo okazało się być nietrwałe.