Budowa Obniżenie położone jest w całości w obrębie jednostki geologicznej zwanej metamorfikiem Lądka i Śnieżnika, stanowiącym północno – wschodni brzeg Masywu Czeskiego. Dno Obniżenia stanowią warstwy zbudowane głównie ze skał metamorficznych, dolina wytworzyła się w łupkach łyszczykowych, amfibolitach, gnejsach gierałtowskich i śnieżnickich. Na powierzchni całego obszaru Obniżenia występują stare skały krystaliczne podłoża oraz kilka wychodni skał karbońskich. Młodsze osady, plejstoceńskie i holoceńskie, występują jedynie w dolinach cieków wodnych i zajmują stosunkowo bardzo niewielką powierzchnię. Powiat kłodzki . W dolinie głównie występują wapienie krystaliczne marmury kalcytowe i dolomitowe). Skały lite przykryte są warstwą zwietrzeliny o zmiennej miąższości od 0,5 do 2,5 m. Powierzchnia zrównania doliny pokryta jest warstwą utworów czwartorzędowych, glin deluwialnych i utworów eolicznych. Lokalnie występują żwiry plejstoceńskie o miąższości do 4,50 m. budujące terasę wysoką. Większość gleb w stanowią gleby zwietrzelinowe górskie o niskiej przydatności rolniczej głównie V i VI klasy bonitacyjnej, gleby klasy IV i III występują sporadycznie.