Cesarz w przypływie gniewu kazał mu zrezygnować ze stanowiska, jednak nie ogłosił tego publicznie, chcąc uniknąć jeszcze większego zamieszania. Ostatecznie w marcu 1279 r. Bekkos zrezygnował z dalszego pełnienia swoich obowiązków. Po kilkumiesięcznych rozmowach, w sierpniu tego roku powrócił na stolicę patriarszą. Ostatnie lata panowania Michała VIII, pochłoniętego obroną imperium zagrożonego przez koalicję państw zachodnich, przyniosły nasilenie represji wobec przeciwników unii. Nic nie wiadomo, by Bekkos miał w nich swój udziałA. Riebe w Rom in Gemeinschaft mit Konstantinopel zauważa, że ani Pachymeres, ani Gregoras nie wymienia Bekkosa wśród wykonawców cesarskich represji, a ogólny charakter patriarchy pozostawiony przez historyków czyni takie uczestnictwo mało prawdopodobnym. Zob. także Ioannes Anastasiou, Ὁ θρυλούμενος διωγμὸς τῶν ἁγιορειτῶν ὑπὸ τοῦ Μιχαὴλ Η´ Παλαιολόγου καὶ τοῦ Ἰωάννου Βέκκου, in: Ἀθωνικὴ πολιτεία, Thessaloniki, 1963, ss.