Istniał spór pomiędzy podlaskim oddziałem Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad, zarządem województwa podlaskiego, samorządami Białegostoku i okolicznych gmin a polskimi i międzynarodowymi organizacjami ekologicznymi, przyrodnikami, samorządem Łomży i okolicznych gmin, dotyczący przebiegu tej trasy na odcinku pomiędzy Warszawą a Suwałkami. Analizowane były różne warianty przebiegu Via Baltica. W 2005 roku GDDKiA zleciła międzynarodowej agencji „Scott & Wilson” przeprowadzenie wielowariantowej analizy przebiegu trasy i wyznaczenie najlepszego przebiegu tej trasy pod względem społecznym, ekonomicznym i ekologicznym na ww. odcinku. Pod uwagę brano ponad 30 różnego rodzaju wariantów.
Przyjęto, że analizie zostaną poddane wszystkie możliwe warianty przebiegu trasy w korytarzu o szerokości 150 km położonym po obu stronach linii prostej łączącej początek i koniec analizowanego korytarza – Warszawę i Budzisko na granicy Polski i Litwy.