Pierwsza analiza przygotowana pod koniec 2006 roku nie została przyjęta przez GDDKiA. Argumentowano, iż agencja "Scott & Wilson" nie rozpatrywała wariantu przebiegającego przez Białystok. Podczas powtórnej analizy wszystkich wariantów, przebieg białostocki został odrzucony jako najmniej uzasadniony. GDDKiA wyraziła opinię, iż nie musi opierać się na raporcie "Scott & Wilson", ponieważ zleciła jego wykonanie tylko dlatego, że taki raport musi być przygotowany w zgodzie z wymaganiami Unii Europejskiej i GDDKiA nie musi opierać się na raporcie przy budowaniu drogi.
Po przedterminowych wyborach 21 października 2007 roku pojawiła się możliwość uruchomienia Narodowego Programu Wielkiej Budowy. Jeden z jego punktów określił przebieg Via Baltica przez Łomżę i Ełk. Jeden z autorów programu inż. Jan Jakiel mówił, że ani Białystok, ani Augustów na tym nie ucierpią. Do Białegostoku dojedziemy drogą ekspresową [...]. W Augustowie natężenie ruchu zmaleje o 67 proc., bo kierowcy będą wybierać wariant albo przez Łomżę, albo przez Białystok. A miasto i tak dostanie obwodnicę, tyle że inaczej poprowadzoną.
24 października 2007 roku na stronach GDDKiA i "Scott&Wilson" została opublikowana informacja o stanie prac nad analizą wariantów przebiegu drogi.