Amerykanie nie byli jednak w stanie podjąć pościgu, dzięki czemu wódz Siuksów na czele grupy wojowników zbiegł z pola walki. Większa część jego wojowników poddała się jednak Amerykanom. Po klęsce pod Wood Lake powstanie upadło.
Skutki thumb|Egzekucja 38 Dakotów w Mankato Kilka tygodni po upadku powstania, 392 Dakotów postawiono przed trybunałem wojskowym. W trwających po kilka minut procesach 303 z nich skazano na karę śmierci za dokonane mordy i gwałty na osadnikach. Wyroki wywołały liczne protesty, o łaskę dla Indian u Lincolna prosił m.in. biskup Henry Benjamin Whipple. W konsekwencji, Lincoln zgodził się na zamianę większej części wyroków śmierci na więzienie. Zatwierdził jedynie wyroki na tych powstańcach, którym faktycznie udowodniono najcięższe zbrodnie (38 zostało 26 grudnia). W tym samym czasie Mały Kruk i jego zwolennicy przedostali się na prerię do innej grupy Siuksów, przyjmując mobilny sposób życia Indian z prerii. Wódz dał się we znaki osadnikom, podejmując próby kradzieży koni, 3 lipca 1863 roku został jednak zastrzelony przez jednego z farmerów. Dwaj pozostali wodzowie, Shakopee i Medicine Bottle, zbiegli do Kanady, gdzie zostali schwytani i po przewiezieniu przez granicę powieszeni. W wyniku powstania rząd amerykański anulował wszelkie umowy dotyczące rezerwatu Dakotów.