Muzeum w tym kształcie przetrwało do 1831, kiedy w wyniku represji po powstaniu listopadowym władze rosyjskie zamknęły Uniwersytet Warszawski, a najcenniejsze zbiory skonfiskowano i jako łup wojenny wywieziono do Rosji.
Gabinet Wzorów Gipsowych oraz Gabinet Zoologiczny znajdujące się dalej w Gmachu Pomuzealnym działały także po zamknięciu uczelni pod opieką Dyrekcji Gabinetów Naukowych, która roztaczała opiekę nad pozostałymi kolekcjami uniwersyteckimi. W II połowie XIX w. podjęto próby ustanowienia na stałe instytucji muzealnej wykorzystującej dawne zbiory uniwersyteckie. W 1862 powołane zostało Muzeum Sztuk Pięknych, które było ściśle powiązane ze Szkołą Główną Warszawską mieszczącą się w budynkach dawnego uniwersytetu. Muzeum przejęło także część dawnych uniwersyteckich zbiorów z zamiarem ich powiększania i eksponowania. W 1875 roku z powodu braku własnych pomieszczeń Muzeum Sztuk Pięknych zwróciło uniwersytetowi cały zbiór, gdzie pozostał aż do wybuchu II wojny światowej.