W 1869 r. podbibliotekarz Hipolit Skimborowicz urządził Muzeum Starożytności w Pałacu Kazimierzowskim. W muzeum prezentowane były obiekty z uniwersyteckich zbiorów związane tematycznie ze starożytnością, znaleziska archeologiczne, pamiątki historyczne i okazy etnograficzne, m.in. popiersia, modele architektoniczne i mumie egipskie. Rozwój muzeum zahamowały zmiany instytucjonalne. Władze rosyjskie rozwiązały Szkołę Główną w 1869 r., a na jej miejsce powołały Cesarski Uniwersytet Warszawski. Muzeum Starożytności zostało w 1871 r. przemianowane na Gabinet Starożytności, a następnie Gabinet Archeologiczny. Poszczególne jednostki Uniwersytetu posiadały różne zbiory o charakterze dydaktyczno-muzealnym, olbrzymią kolekcję minerałów w Gabinecie Mineralogicznym, czy wspomniane wcześniej kolekcję odlewów gipsowych i zoologiczną. Zbiory te służyły następnie Uniwersytetowi Warszawskiemu w okresie międzywojennym.