Działalność W 1980 r. muzeum uniwersyteckie otrzymało współczesną formę instytucjonalną. Początkowo zbiory eksponowane były w Pałacu Kazimierzowskim. W 2000 roku przeniesiono je do klasycystycznego pałacu Tyszkiewiczów przy Krakowskim Przedmieściu 32. Po remoncie budynku, od stycznia 2015 roku, w Sali Stołowej dostępna jest wystawa stała „Orzeł i pięć gwiazd Uniwersytetu. Wystawa z okazji jubileuszu 200-lecia Uniwersytetu Warszawskiego poświęcona narodzinom uczelni”. Poza pałacem Tyszkiewiczów czasowe ekspozycje prezentowane są regularnie w holu budynku Starej Biblioteki UW. Najważniejsze wystawy czasowe:
Perła architektury Warszawy. Sala Kolumnowa – wczoraj – dziś – jutro (2012) Michał Anioł w Warszawie. Poetyka rysunku i odlewu gipsowego (2012) Uratowane z Potopu. Wisła 1655-1906-2009 - Interdyscyplinarne badania dna rzeki (2013) Krybar w powstaniu warszawskim (2014) W kręgu Quo Vadis (2017) Powrót orła. Rola Uniwersytetu Warszawskiego w budowaniu polskiej państwowości (1915-1921) (2018) Kolekcja DNA. Dwieście lat Gabinetu Zoologicznego UW (2018) Muzeum Uniwersytetu Warszawskiego organizuje coroczne Imieniny Chopina.