Absolwenci studiów pierwszego stopnia mogą kontynuować dalsze kształcenie w ramach studiów drugiego stopnia (magisterskich uzupełniających), które trwają 2 lata i kończą się uzyskaniem tytułu zawodowego magistra. Do wyboru są następujące kierunki i specjalności: fizjoterapia turystyka i rekreacja odnowa biologiczna z elementami dietetyki trening zdrowotny osób dorosłych i starszych (specjalność tylko dla studiów dziennych) turystyka kulturowa (specjalność tylko dla studiów dziennych) zarządzanie w turystyce i rekreacji wychowanie fizyczne nauczycielsko-instruktorska (specjalizacja sportowa do wyboru: piłka nożna, piłka ręczna, piłka siatkowa, koszykówka, lekkoatletyka, pływanie) nauczycielsko-trenerska (specjalizacja sportowa do wyboru: piłka nożna, piłka ręczna, piłka siatkowa, koszykówka, lekkoatletyka, pływanie, trener personalny, trener przygotowania motorycznego)
Wydział Wychowania Fizycznego i Fizjoterapii Politechniki Opolskiej prowadzi także jednolite studia magisterskie na kierunku fizjoterapia, trwające 5 lat i kończące się uzyskaniem tytułu magistra.