W dolnym biegu między uroczyskiem Święte Miejsce a ujściem do jeziora Rospuda Augustowska rzeka przepływa przez obszar torfowiskowy tworzony m.in. przez torfowiska niskie i wysokie, przede wszystkim jednak przez przepływowe (soligeniczne) torfowiska przejściowe o naturalnych, niezaburzonych przez człowieka, stosunkach wodnych. W uproszczeniu, torfowisko to utrzymuje stały wysoki poziom wody, dzięki czemu nie zarasta drzewami i krzewami. Różni się tym od zbliżonych obszarów bagiennych naruszonych ingerencją człowieka (takich jak np. Bagna Biebrzańskie), które dla utrzymania roślinności nieleśnej wymagają powtarzanych zabiegów ochrony czynnej, np. regularnego koszenia.
Torfowiska soligeniczne, porośnięte przez mechowiska z klasy Scheuchzerio-Caricetea nigrae, zajmują powierzchnię ponad 100 ha i stanowią najcenniejsze siedlisko przyrodnicze doliny. Bliżej koryta rzeki występują szuwary trzcinowe (Phragmitetum australis), mozgowe (Phalaridetum arundinaceae), a także mannowe (Glycerietum maximae). Starorzecza są w dużym stopniu zarośnięte przez osokę aloesowatą (Stratiotes aloides).