Znaczną powierzchnię zajmują również szuwary wielkoturzycowe – Caricetum appropinquatae, Cicuto-Caricetum pseudocyperi, rzadziej Caricetum distichae, Caricetum ripariae i Thelypteridi-Phragmitetum.
Dolina Rospudy jest objęta ochroną ze względu na występowanie rzadkich gatunków roślin i zwierząt. Rośnie tam m.in. 20 przedstawicieli rodziny storczykowatych, podlegającej ścisłej ochronie prawnej, w tym jedyne w Polsce stanowisko miodokwiatu krzyżowego (Herminium monorchis), rośliny wpisanej do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin.
Fauna W wodach dolnego biegu rzeki bytują chronione, rzadkie i zagrożone gatunki bezkręgowców. Trzy gatunki objęte są ochroną na podstawie załącznika II dyrektywy siedliskowej: małż skójka gruboskorupowa (Unio crassus) oraz ważki zalotka większa (Leucorrhinia pectoralis) i trzepla zielona (Ophiogomphus cecilia). Odnotowano tu także chronione i umieszczone w Polskiej czerwonej księdze zwierząt: małża szczeżuję wielką (Anodonta cygnea) i pijawkę lekarską (Hirudo medicinalis). Ryby zasiedlające wody Rospudy reprezentowane są m.in. przez różankę (Rhodeus sericeus) i piskorza (Misgurnus fossilis) – gatunki objęte ochroną ścisłą, umieszczone w załączniku II dyrektywy siedliskowej i Polskiej czerwonej księdze zwierząt.