Ordynatorzy (m.in.) 1925–1928 - Franciszek Ksawery Cieszyński (ur. 2 grudnia 1892, zm. 7 kwietnia 1965) - absolwent Uniwersytetu Berlińskiego (1918), pediatra, autor publikacji medycznych, wykładowca w Warszawskiej Miejskiej Szkole Położnych 1928–1938 - Stanisław Chełmecki (1889-1943) - absolwent Uniwersytetu Jagiellońskiego (1913), w latach 1924-1928 asystent w Szpitalu im. ks. Anny Mazowieckiej, następnie ordynator, a w latach 1938–1943 - dyrektor Władysław Staniszewski (ur. 1865) Ludwik Bryndza-Nacki (1877–1962)
Wybuch II wojny światowej nie przerwał pracy szpitala, nadal pełnił on funkcje opiekuńczo-lecznicze i prowadził Szkołę dla Położnych. Po wybuchu powstania warszawskiego pacjentki przeniesiono do kościoła pokarmelickiego przy Krakowskim Przedmieściu, a lekarzy i położne do szpitali powstańczych.
W 1945 roku w okolicy szpitala został umieszczony drewniany most wysokowodny przez Wisłę. Wówczas też ustawiono w ogrodzie baterie dział przeciwlotniczych. Natomiast w opustoszałym budynku ulokowano Wojskową Komendę Miasta.