W latach 70. XX wieku w związku ze złym stanem technicznym budynków wymieniono część podłogi oraz stropów jednak to nie wystarczyło i stan budynków nadal zagrażał bezpieczeństwu osób w nich przebywających. Okazało się, że szpital został zbudowany na dawnym wysypisku śmieci. W 1975 roku z połączenia szpitala z placówką przy ulicy Starynkiewicza powstał Instytut Położnictwa i Ginekologii. W 1979 roku zamknięto szpital przy ul. Karowej. Personel przeniesiono do kliniki przy pl. Starynkiewicza, szpitala Bródnowskiego i Bielańskiego. Na początku lat 80. XX wieku rozpoczęto remont Szpitala Klinicznego im. ks. Anny Mazowieckiej.
W 1982 roku wzmocniono mury, wymieniono instalacje, zmieniono wanny na prysznice oraz powiększono liczbę łazienek. 17 stycznia 1983 roku zaczęło działać ambulatorium. 8 lutego tego samego roku przyjęto pierwsze po remoncie pacjentki. Nadal nie działało zaplecze diagnostyczne i część gospodarcza (m.in. posiłki dowożono ze Szpitala Klinicznego Dzieciątka Jezus przy ul. Lindleya.