1 stycznia 1989 roku zmieniono nazwę placówki na Szpital Kliniczny nr 2. Kilka lat później szpitalowi przywrócono imię patronki - księżnej Anny Mazowieckiej. W 1998 roku uruchomiono Oddział Onkologii Ginekologicznej, a w kwietniu 1999 roku - Oddział Intensywnej Terapii Noworodka. W 2001 roku Ministerstwo Zdrowia przekazało szpital Akademii Medycznej. W październiku 2002 roku utworzono Klinikę Neonatologii (od stycznia 2008 roku jest to Kliniki Neonatologii i Intensywnej Terapii Noworodka).
W 1999 roku ukończono remont oddziału Ginekologii Operacyjnej i zmodernizowano Blok Porodowy oraz oddział Patologii Ciąży I. W tym samym roku przeniesiono ze szpitala przy pl. Starynkiewicza Klinikę Endokrynologii Ginekologicznej. W kolejnych latach zmodernizowano oddział Położniczy i Endokrynologiczny, Patologii Noworodka i Blok Operacyjny, a w 2005 roku oddział Patologii Ciąży II. W 2005 roku otwarto oddział Mikroinwazyjnej Chirurgii Ginekologicznej i Pracownię Dziagnostyki Obrazowej. W 2006 roku uruchomiono Centralną Sterylizatornia, a w 2008 Dzienny Oddział Rehabilitacji Niemowląt.
W 2008 roku kierownikiem szpitala został prof. Roman Smolarczyk.