likwidacji Monasteru Piuchtickiego i zamknięciu soboru św. Aleksandra Newskiego w Tallinnie.
Mimo faktu, że prawosławie w Estonii było prześladowane na równi z innymi wyznaniami, w okresie radzieckim wzrosła niechęć do niego wśród etnicznych Estończyków, którzy kojarzyli je z masowo przybywającymi do Estonii Rosjanami.
Po 1991 Po rozpadzie ZSRR i odzyskaniu niepodległości przez Estonię w kraju tym na nowo pojawiły się dążenia do budowy autokefalicznego Kościoła prawosławnego. Patriarchat Moskiewski nie godził się na takie rozwiązanie. Ostatecznie w 1992 nadał Estońskiemu Kościołowi Prawosławnemu jedynie autonomięŁawreszuk M., Prawosławie wobec tendencji nacjonalistycznych i etnofiletystycznych. Studium teologiczno-kanoniczne, Wydawnictwo Naukowe Semper, Warszawa 2009, , s. 281–285.. Wówczas w 1996 patriarcha konstantynopolitański Bartłomiej I również ogłosił powstanie na terenie Estonii autonomicznego Kościoła w swojej jurysdykcji – Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego, który miał być kontynuatorem tradycji Kościoła funkcjonującego w okresie międzywojennym. Działanie dwóch konkurencyjnych Kościołów stało się przyczyną gwałtownego pogorszenia się stosunków między Patriarchatami Konstantynopolitańskim i Moskiewskim. Władze Estonii popierały w konflikcie jurysdykcję konstantynopolitańską.