II wojna światowa Po aneksji Estonii do ZSRR w 1940 autonomia Estońskiego Kościoła Prawosławnego, mimo protestów około połowy duchowieństwa, została skasowana, a jego struktury włączone do Patriarchatu Moskiewskiego na prawach zwykłych eparchii, tworzących Egzarchat Krajów Bałtyckich.. Rok później, po agresji III Rzeszy na ZSRR, nowe władze okupacyjne zgodziły się na ponowne zorganizowanie Kościoła autonomicznego z metropolitą Aleksandrem na czele z wyłączeniem eparchii narewskiej, gdzie wierni byli niemal wyłącznie Rosjanami. Oznaczało to powstanie na terytorium Estonii dwóch konkurencyjnych jurysdykcji. Kościół autonomiczny działał do 1944, gdy jego zwierzchnik udał się na emigrację razem z 8 tys. wiernych.
Estońska Socjalistyczna Republika Radziecka thumb|200px|Aleksy (Ridigier), późniejszy patriarcha moskiewski i całej Rusi, był w latach 1961–1985 biskupem tallińskim i estońskim Po aneksji Estonii do ZSRR zlikwidowany został autonomiczny Estoński Kościół Prawosławny, zaś jego struktury włączone do Patriarchatu Moskiewskiego. W kolejnych latach władze radzieckie zamknęły 3/4 funkcjonujących na terenie Estonii cerkwi. Likwidowaniu kolejnych parafii starał się przeciwdziałać urzędujący w latach 1961–1985 metropolita talliński i estoński Aleksy. Hierarcha ten zapobiegł m.in.