władze carskie podjęły w Estonii kampanię rusyfikacyjną, połączoną z propagowaniem prawosławia; nie przyniosła ona jednak spodziewanych efektów.
W 1920 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i patriarcha Tichon zgodzili się na nadanie statusu autonomicznego Estońskiemu Kościołowi Prawosławnemu. Jego zwierzchnikiem został wyświęcony na biskupa w tym samym roku estoński duchowny Aleksander (Paulus). W 1922 Synod Kościoła Estońskiego nadal jako Kościół autonomiczny porozumiał się z patriarchą Konstantynopola, przechodząc w jego jurysdykcję. Po aneksji Estonii do ZSRR w 1940 autonomia Estońskiego Kościoła Prawosławnego, mimo protestów około połowy duchowieństwa, została skasowana. Rok później, po agresji III Rzeszy na ZSRR, nowe władze okupacyjne zgodziły się na ponowne zorganizowanie Kościoła autonomicznego z metropolitą Aleksandrem na czele. Oznaczało to powstanie na terytorium Estonii dwóch konkurencyjnych jurysdykcji.