Po zakończeniu II wojny światowej władze ZSRR zlikwidowały autonomiczny Estoński Kościół Prawosławny, zaś jego struktury włączyły do Patriarchatu Moskiewskiego. W kolejnych latach zamknięto 3/4 funkcjonujących na terenie Estonii cerkwi. Po rozpadzie ZSRR i odzyskaniu niepodległości przez Estonię w kraju tym na nowo pojawiły się tendencje do odrodzenia autokefalicznego Kościoła prawosławnego. Patriarchat Moskiewski nie godził się na takie rozwiązanie, zważając na to, że w 1922 nadał Estońskiemu Kościołowi Prawosławnemu jedynie autonomię. Wówczas w 1996 patriarcha konstantynopolitański Bartłomiej I również ogłosił powstanie na terenie Estonii autonomicznego Kościoła w swojej jurysdykcji – Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego, który miał być kontynuatorem tradycji Kościoła funkcjonującego w okresie międzywojennym. Obydwie rywalizujące organizacje działają do dziś (2022).