W połowie XIX w. ok. 47 tys. estońskich chłopów zgłosiła chęć konwersji z luteranizmu na prawosławie, mając nadzieję na korzyści materialne (dodatkowy przydział ziemi). Dzięki napływowi wiernych w 1850Латвийская самоуправляемая Православная Церковь. powstała eparchia ryska, obejmująca ziemie łotewskie i estońskie. Funkcjonowała ona nawet wówczas, gdy większość konwertytów, zniechęcona brakiem spodziewanej poprawy swojej sytuacji, porzuciła prawosławie lub bez formalnego powrotu do protestantyzmu ponownie zaczęła uczestniczyć w luterańskich nabożeństwach. W 1864 Władimir Bobrinski pisał do cara Aleksandra II, że spośród Estończyków zarejestrowanych jako prawosławni w życiu Kościoła realnie uczestniczy ok. 10%. W ostatnich dekadach XIX w. i na początku XX w. władze carskie podjęły w Estonii kampanię rusyfikacyjną, połączoną z propagowaniem prawosławia (w działanie to szczególnie zaangażował się gubernator estoński Siergiej SzachowskojS. Miannik, Gubiernator Estłandii), nie przyniosła ona jednak spodziewanych efektów. Znaczącymi wydarzeniami w tym okresie było otwarcie monasteru Zaśnięcia Matki Bożej nazwanego Piuchtickim w 1891 oraz budowa soboru św. Aleksandra Newskiego w Tallinnie w 1900D. Koczetow, E. Szewczenko, Aleksandra Niewskogo stawropigialnyj sobor w Tallinie [w:] Prawosławnaja Encikłopiedija. T. I.