W styczniu 1919, w czasie wojny estońsko-bolszewickiej, po zajęciu Tartu przez bolszewików, hierarcha został aresztowany, a następnie zamordowany bez sądu.
W niepodległej Estonii W 1920 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i patriarcha Tichon zgodzili się na nadanie statusu autonomicznego Estońskiemu Kościołowi Prawosławnemu. Jego zwierzchnikiem został wyświęcony na biskupa w tym samym roku estoński duchowny Aleksander (Paulus). W 1922 Synod Kościoła Estońskiego porozumiał się jednak z patriarchą Konstantynopola, przechodząc w jego jurysdykcję, nadal jako Kościół autonomiczny, co potwierdził tomosem w 1923 patriarcha Melecjusz IV. Część wiernych nie pogodziła się ze zmianą jurysdykcji; jeszcze na początku lat 30. XX wieku trwał spór o przynależność Monasteru Pskowsko-Pieczerskiego.
Estoński Kościół Prawosławny był w okresie międzywojennym subwencjonowany przez państwo, jego przedstawiciele uczestniczyli w uroczystościach państwowych.