Wartości te nie są zwykle stosowane bezpośrednio jako pojedyncza korekta. Implementacja porównuje próbki z wielu zapytań i, jeśli korzysta z wielu serwerów, odrzuca źródła odstające, wybiera najlepszych kandydatów oraz dyscyplinuje zegar lokalny przez zmianę jego częstotliwości lub – przy dużym błędzie początkowym – przez skokowe ustawienie czasu.
Skokowa zmiana czasu a dyscyplinowanie zegara NTP rozróżnia dwa sposoby korekcji zegara systemowego. Skokowe ustawienie czasu, czyli operacja typu step, polega na bezpośrednim przesunięciu wartości zegara do nowej chwili. Jest stosowane zwykle przy starcie usługi i przy bardzo dużym błędzie zegara, ponieważ skokowy ruch w czasie może zaburzyć działanie aplikacji wrażliwych na monotoniczność znaczników czasu, w tym mechanizmów kryptograficznych i niektórych baz danych. Dyscyplinowanie zegara, czyli operacja typu slew albo strojenie częstotliwości, polega na delikatnym przyspieszaniu lub spowalnianiu zegara systemowego, dzięki czemu czas pozostaje monotoniczny, a różnica względem źródła jest stopniowo niwelowana.