W 1920 patriarcha moskiewski i całej Rusi Tichon powołał do życia Estoński Kościół Prawosławny, grupujący prawosławne placówki duszpasterskie na terenie niepodległej Estonii. We wrześniu 1920 sobór Estońskiego Kościoła Prawosławnego wybrał na jego pierwszego zwierzchnika ks. Aleksandra Paulusa. 4 grudnia 1920 duchowny złożył śluby mnisze w riasofor, bez przyjmowania nowego imienia mniszego. Dzień później w soborze św. Aleksandra Newskiego w Tallinnie przyjął chirotonię biskupią z rąk byłego arcybiskupa pskowskiego i porchowskiego Euzebiusza oraz biskupa fińskiego i wyborskiego Serafina. Został wówczas pierwszym zwierzchnikiem autonomicznego Kościoła Estońskiego. W 1923 uczestniczył w rozmowach z patriarchą konstantynopolitańskim Melecjuszem IV w sprawie przejścia podległej mu struktury w jurysdykcję Patriarchatu Konstantynopola. Mimo braku zgody Patriarchatu Moskiewskiego na takie rozwiązanie, Kościół Estoński stał się autonomiczną metropolią podległą Patriarsze Konstantynopola i od 1926 posługiwał się nazwą Estoński Apostolski Kościół Prawosławny.