Dzięki wysiłkom i autorytetowi metropolity Aleksandra w 1934 prawosławne parafie w Estonii zyskały osobowość prawną, a także odszkodowanie za znacjonalizowane w latach 20. ziemie cerkiewne. Metropolita przyczynił się do uratowania przed rozbiórką soboru św. Aleksandra Newskiego w Tallinnie. W 1935 sobór Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego przyjął nowy regulamin wewnętrzny Kościoła. Od 1937, na mocy nowej konstytucji Estonii, metropolita Aleksander jako zwierzchnik Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego został członkiem Rady Państwa.
W 1940, po aneksji Estonii do ZSRR, autonomia Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego została zlikwidowana. 30 marca 1941 metropolita Aleksander złożył przed metropolitą moskiewskim i kołomieńskim Sergiuszem akt pokutny za wcześniejsze przyczynienie się do wystąpienia Kościoła Estońskiego z jurysdykcji Patriarchatu Moskiewskiego. Metropolita Sergiusz utworzył w miejsce autonomicznych Kościołów Łotwy i Estonii Egzarchat Krajów Bałtyckich z metropolitą wileńskim i litewskim Sergiuszem na czele. Metropolita Aleksander zachował zarząd eparchii tallińskiej.