Po ataku Niemiec na ZSRR i zajęciu Estonii przez wojska niemieckie metropolita Aleksander ogłosił ponowne utworzenie Estońskiego Apostolskiego Kościoła Prawosławnego. 19 września 1941 struktura ta została oficjalnie zarejestrowana jako jedyna jurysdykcja prawosławna na terenie okupowanej Estonii. 5 listopada 1942 Patriarchat Moskiewski ogłosił suspendowanie metropolity Aleksandra i zapowiedział oddanie go pod sąd biskupów, do czego jednak nigdy nie doszło. Aleksander zyskał poparcie parafii etnicznie estońskich i części rosyjskich. Większość z tych drugich, zgrupowanych w eparchii narewskiego kierowanej przez biskupa Pawła (Dmitrowskiego) pozostała jednak w jurysdykcji Patriarchatu Moskiewskiego. W 1944 wycofujący się Niemcy przymusowo wywieźli metropolitę Aleksandra do Niemiec i umieścili w obozie pod Oldenburgiem. Razem z nim na emigrację udało się 22 duchownych i część wiernych Estońskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. W 1947 metropolita Aleksander zamieszkał w Sztokholmie.