Kwestie bezpieczeństwa Badania nad transgenicznymi uprawami pokazują, że są one bezpieczne dla środowiska. Toksyny Bt były używane do zwalczania szkodników we Francji od 1938, a w USA od 1958 i nie stwierdzono ich szkodliwego wpływu na środowisko. Należą one do toksyn bardzo selektywnych i stanowią potencjalne zamienniki dla pestycydów o szerszym działaniu. Nie są szkodliwe dla kręgowców, ponieważ ich działanie wymaga przyłączenia się do odpowiednich białek receptorowych na powierzchni komórek jelitowych owadów. Organizmy, których komórki nie posiadają odpowiednich białek, są niewrażliwe na działanie tych toksyn.
Istnieją badania laboratoryjne wskazujące, że toksyny Bt mogą oddziaływać na inne organizmy, szczególnie te blisko spokrewnione ze zwalczanym szkodnikami. Zwykle jest to skutkiem spożycia przez te organizmy pyłku lub szczątków rośliny zmodyfikowanej genetycznie, bądź owada, który na takiej roślinie żerował. Metodologia tych badań była jednak kwestionowana.