W badaniach przeprowadzonych w 2007 z inicjatywy Greenpeace wykazano, że rośliny posiadające geny Bt mogą powodować niewielkie, ale zauważalne ryzyko uszkodzenia wątroby u szczurów, które je spożywają. Wyniki tych badań zostały uznane za nieistotne przez Europejski Urząd ds. Bezpieczeństwa Żywności. W 2009 ten sam zespół badaczy przedstawił kolejne badania potwierdzające ryzyko toksyczności dla ssaków, ponownie odrzucone przez EFSA. Wyniki uzyskane przez ten zespół sugerują, że toksyny produkowane przez genetycznie zmodyfikowane rośliny są często zmodyfikowane i skrócone w stosunku do oryginałów, co może modyfikować ich działanie w nieprzewidywalny sposób.
Powstawanie odporności thumb|Projekt uzyskania lokalnej odmiany transgenicznej kukurydzy, Kenia Ciągła ekspozycja na toksyny wytwarza silną presję selekcyjną na owady, prowadzącą do pojawienia się odmian odpornych na nie. Przykładowo stwierdzono, że motyl Helicoverpa zea uodpornił się na toksyny Bt w postaci zarówno rozpylanej na rośliny, jak i obecnej w roślinach transgenicznych. W listopadzie 2009 badacze z firmy Monsanto potwierdzili pojawienie się w stanie Gudźarat w Indiach larw ciem z gatunku Pectinophora gossypiella odpornych na toksyny Bt. W czterech regionach tego stanu uprawy roślin Bt przestały być odporne na szkodniki.