Jako student Bhatti założył w 1985 roku i kierował pakistańskim Frontem Wyzwolenia ChrześcijanChristian Liberation Front. W późniejszych latach pomagał również tworzyć Ligę Mniejszości Pakistanu (ang. All Pakistan Minorities Alliance – APMA) i został jednomyślnie wybrany jej przewodniczącym. Spotykał się z prezydentem Pervezem Musharrafem jako przedstawicielem grupy rzeczników praw mniejszości. W 2002 roku Bhatti wstąpił w szeregi Pakistańskiej Partii Ludowej (PPL)Dawn.com: Profile: Shahbaz Bhatti, jednak pozostał poza polityką aż do otrzymania nominacji na ministra w 2008 roku. W 2003 został umieszczony na rządowej liście osób tzw. Lista Kontroli Wyjazdów (ang. Exit Control List), którym zakazano opuszczania Pakistanu, ale został usunięty z niej w listopadzie tego samego roku.