Bhatti został zaprzysiężony jako federalny minister ds. mniejszości 2 listopada 2008 roku, kiedy to po raz pierwszy utworzono to stanowisko w rządzie pakistańskim i powołano niezależne ministerstwo. W tym czasie Bhatti powiedział, że zaakceptował nominację na to stanowisko ze względu na „represjonowanych, uciskanych i marginalizowanych” (ludzi) w Pakistanie oraz że poświęca swoje życie „walce o równość ludzi, sprawiedliwość społeczną, wolność religijną oraz o to, aby podnieść na duchu i uprawomocnić mniejszościowe wspólnoty religijne”. Dodał, że chce przesłać „wiadomość o nadziei ludziom rozczarowanym i żyjącym w rozpaczy”, zobowiązał się również do zreformowania obowiązującej w Pakistanie Ustawy o bluźnierstwie.
W trakcie swojej pracy w roli ministra federalnego podejmował liczne działania wspierające mniejszości religijne. Obejmowały one zapoczątkowanie krajowej kampanii promującej harmonijne współistnienie wyznawców różnych religii, propozycje legislacyjne dotyczące zakazu mowy nienawiści oraz związanej z nią literatury, propozycję wprowadzenia do nauczania przedmiotu prezentującego różne religie, wprowadzenie przedstawicieli mniejszości religijnych do urzędów państwowych oraz zarezerwowanie dla nich czterech miejsc w Senacie Pakistanu.