Timorska Unia Demokratyczna stanowiąca ugrupowanie proportugalskie i reprezentujące interesy elit nie było pozytywnie nastawione do lewicowych haseł FRETILIN, a do organizacji zamachu została zachęcona przez doradców indonezyjskich (według których timorska lewica miała komunistyczny charakter)Tarczyński Piotr, Operacja Lotos, w: Polityka, nr 50, 9 grudnia 2015, s. 62-64. FRETILIN w proteście zorganizował własne siły paramilitarne które w szybkim czasie pokonały siły Unii Demokratycznej. Wciąż istniejąca na wyspie administracja portugalska pozostała bierna wobec trwającego konfliktu. FRETILIN zachęcony zwycięstwem w krótkotrwałej (dwumiesięcznej) wojnie domowej jeszcze 28 listopada proklamował niepodległość Timoru Wschodniego.
7 grudnia 1975 roku Timor Wschodni został zaatakowany, a następnie 17 czerwca 1976 roku anektowany przez sąsiednią Indonezję. Ruch podjął się walki partyzanckiej przeciw okupantom a jego zbrojnym ramieniem stały się Siły Zbrojne Wyzwolenia Narodowego Timoru Wschodniego. Aneksja kraju spowodowała radykalizację FRENTILIN-u i przyjęcie w 1977 roku rewolucyjnego marksizmu jako doktryny partii. W 1978 lider partii Nicolau dos Reis Lobato został zamordowany przez indonezyjskich żołnierzy.