Po tym wydarzeniu nowym przywódcą partii został wybrany Xanana Gusmão, który od 1981 roku sprawował również funkcję lidera zbrojnego skrzydła partii. Xanana Gusmãow w 1992 roku został schwytany przez siły indonezyjskie. FRENTILIN oprócz walki zbrojnej prowadził kampanię dyplomatyczną na rzecz niepodległości Timoru. W kampanię szczególnie zaangażowany był José Ramos-Horta pełniący rolę rzecznika ruchu oporu w latach 1975-1999. Za swoje starania Ramos-Horta w 1996 został laureatem pokojowej Nagrody NoblaLaureat pokojowego Nobla ciężko ranny podczas puczu na Timorze, gazeta.pl, 12 lutego 2008. W 2000 roku Xanana Gusmão zrezygnował z dowództwa nad zbrojnym ramieniem partii i przekazał je Taur Matan Ruaka.
Wyniki w wyborach Po uzyskaniu niepodległości partia w wyborach w 2001 roku uzyskała ponad 57,4 procent poparcia i 55 miejsc (na 88) w parlamencieTimor Wschodni: Wybory w 2001 Inter-Parliamentary Union. W wyborach prezydenckich w 2002 zwyciężył z kolei wieloletni lider partii Xanana Gusmão (który opuścił niedawno indonezyjskie więzienie). Od 2007 roku zauważalny jest widoczny spadek wpływów partii.