Skromną szatę naciekową tworzą nieliczne, masywne stalagnaty oraz nacieki ścienne barwy białej, szarawej lub żółtawej. W komorze pomiędzy korytarzami znajduje się misa wapienna z krystalicznie czystą wodą. W miesiącach wiosennych w jaskini występuje okresowy ciek wodny. Jaskinia powstała ok. 15 mln lat temu i obecnie jest w okresie senilnym (co oznacza, że ani ona ani jej szata naciekowa już się nie rozwijają). W okresie zimowym nad wylotem jaskini tworzą się bogate nacieki lodowe.
Średnia wilgotność w głębi jaskini wynosi 92%, a średnia temperatura ok. 6 °C.
W zimowych miesiącach jaskinia Mažarna jest miejscem zimowania kilku gatunków nietoperzy.
Od 1981 r. jaskinia, z uwagi na jej znaczenie dla paleontologii i archeologii, jest objęta ochroną jako pomnik przyrody (słow. prírodná pamiatka jaskyňa Mažarná). Obowiązuje w niej piąty (najwyższy) stopień ochrony.
Dzieje poznania Z racji swego usytuowania jaskinia znana była od bardzo dawna. Zasiedlona została już u schyłku epoki kamiennej, w eneolicie (ok. 2600–2200 r. p.n.e.), a mieszkańcy przebywali w niej aż do epoki brązu. Należy do najwyżej położonych, zamieszkanych w prehistorii jaskiń Słowacji.