Od XVI w. Mażarna służyła jako okresowe schronienie pasterzom wołoskim, później myśliwym i robotnikom leśnym. W 1944 r. wykorzystywana była przez słowackich partyzantów jako schronienie dla rannych w okresie słowackiego powstania narodowego.
Pierwsze badania archeologiczne w jaskini przeprowadził w drugiej połowie XIX w. Pavel Križko. Znalazł wówczas szczątki szkieletów ludzkich z 3 tysiąclecia p.n.e. oraz kości niedźwiedzia jaskiniowego (Ursus spelaeus Ros.). W latach 50. XX w. w jaskini miały miejsce rewizyjne badania prowadzone przez Zakład Archeologii Słowackiej Akademii Nauk, którymi kierował dr Juraj Bárta. W latach 70. tego stulecia badaniami paleontologiczno-zoologicznymi w Mażarnej kierował prof. Vojen Ložek, a speleologicznymi – dr Pavol Mitter.
Turystyka Wylot jaskini znajduje się tuż powyżej niebiesko znakowanego szlaku turystycznego z Doliny Gaderskiej na Tlstą (dojście z Blatnicy ok. 1,5 ÷ 2 godz.). Przez długi czas jaskinia nie była jednak udostępniona do zwiedzania. Wejście do niej było zabronione z uwagi na objęcie jej najwyższym stopniem ochrony (Ustawa nr 543/2002 „O ochronie przyrody i środowiska”). Od 2009 r. jest już udostępniona do zwiedzania turystycznegoVyhláška Krajského úradu životného prostredia v Žiline č. 4/2009 z 15.