Latem 1939 r. kierownik archiwum dr Antonów w obawie przed przewidywanym wkroczeniem wojsk niemieckich zarządził częściową ewakuację materiałów archiwalnych (25 skrzyń) w kierunku południowo-wschodnim. Wśród nich znalazły się, uznane za szczególnie cenne, najstarsze akta z Archiwum Książąt Pszczyńskich, akta Sejmu Śląskiego oraz wywiezione z powodów politycznych, dokumenty związane z plebiscytem. Wraz z archiwaliami ewakuowano wówczas w również zbiory rękopiśmienne, materiały bibliograficzne i inwentarz (32 skrzynie) Biblioteki im. Józefa Piłsudskiego w Katowicach
Lata 1939–1945 Od września 1939 r. podczas przeprowadzanej konfiskaty mienia polskich instytucji i organizacji, władze okupacyjne przejęły m.in. akta Związku Powstańców Śląskich, organizacji strzeleckich, akta i rękopisy Instytutu Śląskiego, akta policyjne i sądowe. W połowie października władza przeszła z rąk zarządu wojskowego w ręce administracji cywilnej. Archiwum przejęła niemiecka służba archiwalna i zostało ono przekształcone w filię Archiwum Państwowego we Wrocławiu (Staatsarchiv Breslau).