Pułkownik Campbell, na krótko odsunięty od dowodzenia misją, odwołuje nuklearny atak powietrzny, który miał zatrzeć dowody wydarzeń na wyspie Shadow Moses oraz oficjalnie ogłasza Snake’a zabitym w akcji, aby nie dopuścić rządu USA do rozpoczęcia poszukiwań protagonisty w przyszłości.
Nie wiadomo ile czasu pozostało Snake’owi, zanim zabije go wirus FoxDie. Ocelot okazuje się podwójnym agentem działającym na zlecenie prezydenta Stanów Zjednoczonych. Jego zadaniem było pozyskanie dysku Bakera zawierającego specyfikacje Metal Geara i dostarczenie go prezydentowi oraz pozbycie się każdego, kto dowiedziałby się o motywach jego działania, co było prawdziwym powodem, dla którego szefa DARPA zginął podczas przesłuchania.
Rozgrywka lewo|mały|Mapa otoczenia Pomimo faktu, że środowisko gry jest stworzone w pełnym 3D, rozgrywka w Metal Gear Solid jest tak naprawdę podobna do tej ze swojej poprzedniczki Metal Gear 2: Solid Snake stworzonej w technice 2D. Gracz musi prowadzić Solid Snake’a poprzez kolejne lokacje bez pozostania wykrytym przez wrogów. Wykrycie następuje w momencie wejścia bohatera prowadzonego przez gracza w pole widzenia wroga, co z kolei uruchamia alarm, który przyciąga uzbrojonych wrogów.