Snake dowiaduje się też, dlaczego naprawdę został wysłany na tę misję – przeprogramowany wirus FoxDie, którego Snake jest nosicielem, mógłby zabić wszystkich członków Foxhound (zarówno protagonistę jak i Liquida), tym samym pozwalając rządowi odzyskać Metal Gear REXa nietkniętego.
Liquid Snake przejmuje kontrolę nad Metal Gear REXem i rozpoczyna się walka. Pojawia się Grey Fox, któremu udaje się zniszczyć osłonę radarową mecha, ale zaraz po tym zostaje zabity. Snake’owi udaje się zniszczyć Metal Gear REXa, po czym staje do walki oko w oko z Liquidem, którą wygrywa. W zależności od tego, czy gracz opierał się wcześniej torturom Ocelota, czy też się im poddał, do Snake’a dołącza Meryl lub Otacon i razem podejmują się ucieczki z bazy w jeepie przez podziemny tunel. Dwójkę bohaterów goni również zmotoryzowany Liquid. Po zderzeniu obu pojazdów przy wjeździe do tunelu, Liquid celuje z pistoletu w Snake’a, jednak zanim udaje mu się wystrzelić – ginie pod wpływem działania wirusa FoxDie.