Gra przepełniona jest „retrospekcjami” (odnośników w postaci zdjęć wydarzeń, miejsc i osób), które odnoszą się do wydarzeń z poprzednich gier serii, sugerując w ten sposób związek z wydarzeniami z przeszłości, uzupełniając tym samym fabułę serii. Gracz może je zobaczyć poprzez naciśnięcie przycisku X (O w niektórych krajach), gdy pojawi się stosowna ikona na ekranie. Przerywniki Mission Briefing mogą być oglądane z różnych ujęć kamery lub eksplorowane przez zdalnie sterowanego Metal Geara Mk. II.
Dodatkowy kompanem Snake’a na polu bitwy został mały robot, Metal Gear Mk. II, pozwalający mu na kontakt radiowy z innymi postaciami, jako dodatku do CODEC-u z poprzednich części gry. Robot może również usypiać wrogów słabym wstrząsem elektrycznym, jak również sprawdzać teren bez narażania Snake’a. Jest wzorowany na identycznym robocie, z którego pomocy korzystał Gillian Seed, bohater starszej gry Hideo Kojimy pt. Snatcher.