Z powodu braku wibracji w joypadzie podczas tworzenia gry (co stanowiło ważny element poprzednich tytułów), wprowadzono nowość: biały „Threat Ring” (przezroczysty pierścień wokół bohatera), który w przypadku zbliżania się wroga sygnalizował jego obecność poprzez wybrzuszenie prostej linii wokół bohatera. Jako seria znana z powszechnego wykorzystania wibracji w joypadzie, niedługo po ogłoszeniu przez Sony nowego joypada z funkcją wibracji wydawca serii, firma Konami, ogłosiła wypuszczenia patcha dodającego do gry obsługę wibracji, przez co MGS4 stał się jednym z pierwszych tytułów obsługującym ”przywrócone” wibracje.

Zdrowie Snake’a odgrywa niewielkie znaczenie podczas rozgrywki. Jeśli bohater zostanie ranny na polu walki, nacięcia i oparzenia pozostaną widoczne na jego skórze. Jednakże twórcy gry chcieli oszczędzić graczowi stresu z powodu leczenia poszczególnych ran Snake’a, dlatego dano mu kombinezon ze specjalnego tworzywa, w którym bohater porusza się w podobny sposób jak w poprzednich grach serii.