Z nowych postaci Snake’a wspierają: Drebin 893, pracz broni oraz jego zaprzyjaźniona małpka Little Gray; Sunny, córka Olgi Gurlukovich, którą Raiden odbił z niewoli u Patriotów; oraz pozostali członkowie Rat Patrol Team 01, czyli Eda, drugi najwyższy rangą w zespole, radiowiec i snajper; Jonathan, ogromny i umięśniony żołnierz; i Akiba, ekspert od elektroniki. Jonathan i Ed dostali imiona po głównych bohaterach przygodówki Hideo Kojimy z 1994 r. pt. Policenauts, gdzie Meryl wystąpiła jako jedna z pobocznych postaci. Johnny jest strażnikiem, któremu Meryl zabrała kostium w pierwszym Metal Gear Solid.
Głównym czarnym charakterem gry jest Liquid Ocelot, początkowo Revolver Ocelot, tajny agent Patriotów do czasu gdy jego umysł został opanowany przez Liquid Snake’a po transplantacji jego ręki. Po jego stronie są: Vamp, ostatni żywy członek grupy Dead Cell (rozbitej przez Raidena podczas akcji Metal Gear Solid 2; oddział Beauty and The Beast; oraz jego prywatna armia, żołnierska elita złożona z kobiet – Haven Troops. Duch Psycho Mantisa z pierwszego Metal Gear Solid także pojawia się w grze.