W konspiracji przyjął pseudonim „Horawski”. Wraz z bratem Ludwikiem został aresztowany przez Gestapo pod zarzutem przynależności do tajnej organizacji i od 20 czerwca 1942 do 5 lutego 1942 był osadzony w więzieniu Montelupich w Krakowie. 5 lutego 1943 obaj zostali osadzeni w niemieckim obozie koncentracyjnym Auschwitz-Birkenau. Stanisław otrzymał tam numer obozowy 100429, a Ludwik 100428. Przebywali tam do 31 sierpnia 1944, a 1 września 1944 zostali przeniesieni do obozu w Ravensbrück, gdzie w obozie dla mężczyzn (Männerlager) otrzymał numer obozowy 9839. Przybywał tam do 3 maja 1945, po czym w czasie transportu z KL Ravensbrück do KL Neuengamme został uwolniony przez wojska amerykańskie pod Schwerinem (jego brat Ludwik także przeżył wojnę). Do 6 grudnia 1946 przebywał w obozie dla byłych jeńców oficerów WP w Henstedt pod Hamburgiem