Juventus W roku 1990 Baggio podpisał kontrakt z drużyną Juventusu. W sezonie 1990/1991 strzelił 14 bramek w 33 występach, a w kolejnym sezonie zdobył 18 bramek. W sezonie 1992/1993 Baggio z drużyną Juventusu wygrał Puchar UEFA strzelając w 9 meczach 6 bramek. W lidze zdobył 21 goli w 27 meczach. Swoją setną bramkę w Serie A uzyskał w sezonie 1993/94 przeciwko Genui.
W 1995 roku zdobył swoje pierwsze scudetto z Juventusem. Jednak z powodu kontuzji nie był w tym sezonie wiodącą postacią swego zespołu. Po pojawieniu się w klubie Alessandra del Piero Baggio przeszedł do A.C. Milan (otrzymał również ofertę od Interu Mediolan), z którym również zdobył Mistrzostwo Włoch.
Bolonia oraz Inter Mediolan W 1997 przeniósł się do Bolonii. W barwach tego klubu strzelił w lidze 22 gole.
W 1998 roku przeniósł się do Interu, gdzie grał dwa lata. W meczu w Lidze Mistrzów pomiędzy Interem a Realem Madryt Baggio wszedł z ławki rezerwowych i strzelił dwie bramki. Inter odpadł w ćwierćfinale LM, a sezon ligowy zakończył na 8. miejscu. W swoim ostatnim meczu dla Nerazzurich przeciwko Parmie zdobył dwa gole. Całe spotkanie zakończyło się wynikiem 1:3, tym samym rezultat dał możliwość gry w eliminacjach Ligi Mistrzów klubowi z Mediolanu.