Brescia W 2000 roku został zawodnikiem Brescii, gdzie grał do końca kariery w 2004 roku. Po pierwszym sezonie zespół Baggio zajął 7. miejsce w Serie A, zyskując tym samym możliwość gry w Pucharze Intertoto, gdzie Brescia w finale przegrała z Paris Saint Germain. W drugim sezonie Baggio odniósł ciężką kontuzję w starciu z zawodnikiem Vicenzy – Antoniem Marasco, w wyniku czego pauzował przez 76 dni. Po wyleczeniu kontuzji wystąpił w meczu z Fiorentiną i strzelił dwa gole. Swój pożegnalny mecz w barwach Bresci zagrał przeciwko Milanowi, w ostatniej kolejce sezonu 2003/2004. Milan świętował wtedy swoje 17. scudetto.
Kariera reprezentacyjna Baggio wystąpił w kadrze Włoch na mundialu 3 razy: w roku 1990, 1994 oraz 1998, nigdy z kolei nie zagrał z reprezentacją Włoch w finałach mistrzostw Europy.
W 1990 roku na mundialu gdzie Włochy były gospodarzem nie wystąpił w pierwszych dwóch spotkaniach – zagrał w trzecim meczu kadry (z Czechosłowacją). Włosi odpadli w półfinale z reprezentacją Argentyny i ostatecznie zajęli 3. miejsce po zwycięstwie nad Anglią 2:1 w meczu o brązowy medal.