Program podlega wpisowi do rejestru prowadzonego przez organ nadzoru emerytalnego: 1999–2002 – Urząd Nadzoru nad Funduszami Emerytalnymi, 2002–2006 – Komisję Nadzoru Ubezpieczeń i Funduszy Emerytalnych, od 2006 – Komisję Nadzoru Finansowego.
Funkcjonowanie Pracownik przystępuje do PPE na podstawie swojej deklaracji składanej pracodawcy, również wszelkie oświadczenia woli kierowane do instytucji finansowej zarządzającej środkami w ramach PPE składane są za pośrednictwem pracodawcy.
PPE ma zawsze formę programu o zdefiniowanej składce. W ramach pracowniczego programu emerytalnego pracodawca odprowadza składki podstawowe za swoich pracowników – uczestników PPE wysokości nie wyższej niż 7% wynagrodzenia uczestnika. Program może dopuszczać też odprowadzanie składek dodatkowych przez pracowników. Składka podstawowa odprowadzana przez pracodawcę zwolniona jest z obciążenia składkami na ubezpieczenia społeczne. Zyski z inwestycji w ramach PPE i wypłata środków z PPE zwolnione są z podatku dochodowego od osób fizycznych. Środkami w ramach PPE zarządza wybrana instytucja finansowa.