Korporacja ta rozwijała się błyskawicznie, podporządkowując sobie coraz to nowe tereny, nierzadko metodami zbrojnymi. W 1900 Kompania przeszła pod kontrolę rządu Wielkiej Brytanii. W 1901 Nigeria stała się brytyjskim protektoratem.
W 1914 cały obszar był formalnie zjednoczony jako „Kolonia i Protektorat Nigerii”. Administracyjnie był on podzielony na prowincje północne i południowe oraz kolonię Lagos. Prowincje południowe poddawały się wpływom europejskim o wiele szybciej od północnych. Proces ten w szczególności dotyczył takich dziedzin, jak edukacja czy gospodarka (np. pod kątem wprowadzania nowoczesnych metod produkcji). Skutki takiego rozwoju kraju są widoczne do dziś. Po II wojnie światowej nastąpił wzrost poczucia tożsamości narodowej wśród Nigeryjczyków oraz pojawiła się chęć uzyskania niepodległości. Presja wywierana na Wielką Brytanię skłoniła ją do nadania Nigerii początkowo autonomii w ramach Imperium brytyjskiego a później pełnej niepodległości.